L'annexe II de la Directive Habitats liste les espèces de faune et de flore d'intérêt communautaire, c’est-à-dire les espèces qui sont soit :
en danger d'extinction
vulnérables, pour les espèces qui ne sont pas encore en danger mais qui peuvent le devenir dans un avenir proche si les pressions qu'elles subissent ne diminuent pas
rares, lorsqu'elles présentent des populations de petite taille et ne sont pas encore en danger ou vulnérables, qui peuvent le devenir
endémiques, lorsqu'elles sont caractéristiques d'une zone géographique restreinte particulière, et strictement localisées à cette zone, du fait de la spécificité de leur habitat.
9 espèces animales d'intérêt communautaire (inscrites à l'annexe II de la directive "Habitat") ont été recensées sur le site Natura 2000 « Plaine de Vergelin – Fontigon, Gorges de Châteaudouble, Bois des Clappes » :
Les espèces d’intérêt communautaire du site sont les suivantes :
| Famille d'espèces | Nom des espèces | Téléchargement des fiches espèces | Photos |
Chauves-souris
| Murin de Capaccini |  fiche espèce |  |
Rhinolophe euryale | fiche espèce |  | |
| Petit rhinolophe | fiche espèce |  | |
| Grand rhinolophe | fiche espèce |  | |
| Minioptère de Schreibers | fiche espèce |  | |
| Petit murin | fiche espèce |  | |
| Grand murin | fiche espèce |  | |
| Poisson | Barbeau méridional | fiche espèce |  |
Crustacé aquatique | Ecrevisse à pattes blanches | fiche espèce |  |
La cartographie des espèces d’intérêt communautaire du site :
Elle est présentée dans l’atlas cartographique du Tome 1 (cartes 22 à 28) que vous pouvez télécharger ci dessous :
Carte des espèces d'intérêt communautaire